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微生物多样性
项目介绍
微生物多样性研究是指通过高通量测序等方法检测样本的微生物组成和丰度的方法。微生物多样性测序，也称扩增子测序，是指利用合适的通用引物扩增环境中微生物的16S rDNA/18S rDNA /ITS高变区或功能基因，通过高通量测序技术检测PCR产物的序列变异和丰度信息，分析该环境下的微生物群落的多样性和分布规律，以揭示环境样品中众多的微生物种类及它们之间的相对丰度和进化关系。
项目流程：
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样本要求
土壤/污泥/沉积物/腐殖质≥ 3g；
水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm)≥ 1张；
粪便/肠道内容物 ≥ 0.5g(小鼠 3 粒)
瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀) ≥ 1mL，沉淀0.5g
拭子 ≥ 3个
动物/人组织 ≥ 1g
血浆 ≥ 1mL
鲜奶 ≥ 8mL
液氮或 -80℃保存；干冰运输
水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm)≥ 1张；
粪便/肠道内容物 ≥ 0.5g(小鼠 3 粒)
瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀) ≥ 1mL，沉淀0.5g
拭子 ≥ 3个
动物/人组织 ≥ 1g
血浆 ≥ 1mL
鲜奶 ≥ 8mL
液氮或 -80℃保存；干冰运输
结果展示
结果提供测试报告及原始数据，测试周期1个月左右，具体可联系我们工作人员，部分结果展示如下
样品稀释曲线图 物种组成柱状图
样本聚类柱状图 OTU 及其分类学水平 heatmap 图
样品稀释曲线图 物种组成柱状图
样本聚类柱状图 OTU 及其分类学水平 heatmap 图
常见问题
1、16S相关文章中选择的测序区域各不相同(如V4，V3-V4，V1-V3，V3等)，选择的依据是什么，选择哪个区域比较好？
不同物种不同区域多样性不同，选择不同区域测序结果会有不同，可能会造成物种多样性的低估或高估。在非全长16S测序的情况下，测序区域也并非越长越好，跟全长16S结果最相近的测序区域即是最优选择。如无特殊要求，我们一般推荐V3-V4区测序，根据我们大量的项目经验，目前测序项目较多的区域为V4, V1-V3, V3-V4, V4-V5, V5-V6，具体项目测序区域也可参考相关文献进行选择。
2、若关注环境中的真核微生物多样性，18S测序和ITS测序哪个更好?
ITS测序主要是针对真菌多样性的研究，注释准确度高；18S测序针对的是真核微生物，注释到的范围广，但是就真菌来说精确度相对较低；可根据研究目的合理选择测序方案。
3、16S测序一般推荐多少样本量？
16S样本多样性及组间差异分析是基于统计结果进行的分析，一般样本数越多，统计结果越准确。最低样本数要求如下：组间多样性分析样本（组别≥2，每组样本数n≥3）
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